Bueno, voy poco a poco y si se me van ocurriendo sitios te los pongo... yo creo que los cuatro sitios a los que se deben ir son:
Shinjuku --> el centro de todo, con el ayuntamiento y un monton de tiendas de discos.
Harajuku --> el domingo dando un paseo desde Omotesando, ahí estan los visual y tal.
Akihabara --> para ver el ambiente de todas las tiendas de electrónica sobre todo los findes.
Asakusa --> para ver el Tokyo típico, con templos y tal.
Shibuya --> el feudo de los shibuya-kei, para mí menos vistoso que Shinjuku.
Para discos visitar los Disk union que tienen cantidades masivas de segunda mano y rarezas... en Shinjuku hay tres o cuatro tiendas.
La del mapa es la tienda de punk/core.
http://maps.google.es/maps?ix=acb&q=%E3 ... CBEQ_AUoAg
Para comer barato tienes los Yoshinoya/Matsuya que hay millones, ahí pide un gyudon que es arroz con carne de tenera, se compran los tickets en máquina y se come en barra.

También entra en algún Tenya para comer tempura, por 3/4 lerus se come estupendamente, es tb una cadena así que hay cientos (aunque menos que Yoshinoyas).
Estos son los Tenyas:

Tambien métete en algun antro de ramen, algun kaiten de sushi y otro de curry japonés. En shinjuku tienes mil.