Dejad de haceros pajas mentales con la sincronización, no tiene nada que ver. No es que sea un vago, es que me resulta más fácil contestar a cosas concretas como esta.
Asuka no pierde ni el ojo ni se le daña el brazo dentro del EVA. Solo lo siente porque su sincronización ha bajado con el EVA, eso ya lo hemos visto antes: a mayor sincronización, menos dolor. Entonces, ¿por qué aparece dañada tras en Tercer Impacto? Fácil: Yui le explica claramente a Shinji que para volver a la vida los únicos requisitos son tener voluntad de vivir y ser capaz de hacerse la imagen de uno mismo. Y la imagen que tiene Asuka de sí misma es la que tenía justo antes de morir: siente que le falta un ojo y el brazo destrozado, y esta es la forma con la que sale del mar de LCL, lo que pasa es que esa auto-imagen está condicionada por la contaminación nerviosa del EVA. Así que las heridas se las hace ella misma al volver a la vida con la forma que creía tener antes de morir, no la que tenía realmente. Cuando vemos partírsele el brazo a Asuka en la batalla contra los EVAs en serie, es un plano digamos metafórico de lo que está sintiendo, pero no es que se le rompa realmente (recordemos el "Shinji, no es tu brazo" del capítulo 2).
Respecto al estrangulamiento de Asuka, hay que tener en cuenta que esto lo vemos antes de que el EVA-01 entre en el huevo de Lilith, que es donde Shinji se reunirá con las almas de los demás. ¿Qué quiere decir esto? Que las Rei, Misato y Asuka con las que Shinji se pelea en ese momento no son las verdaderas, sino las Rei, Misato y Asuka que están dentro de su corazón. Y a esa Rei la teme (porque no la entiende), a esa Misato la desprecia (por todo lo que le ha obligado hacer) y a esa Asuka la odia (porque pretende que la entienda sin expresar abiertamente sus sentimientos y encima le echa la culpa a él). Así que en ese momento explota y, lleno de ira y de rencor, la estrangula. Es después de todo esto cuando el EVA entra en Lilith y es gracias a esa comunicación con las almas de los demás cuando finalmente decide desdecirse y detener la complementación. Pero claro, una vez pasado todo esto Shinji recuerda esa discusión y esa pelea, lo tiene reciente como si fuera lo último que estaba haciendo antes de llegar ahí y cuando ve a Asuka ahí tirada decide seguir con la tarea. Luego ella le acaricia y él empieza a sentirse culpable.
Por cierto la última frase "qué asco" fue idea de la actriz que doblaba a Asuka. Anno le preguntó "¿qué dirías si despertaras y encontraras a tu lado a una persona que se ha estado masturbando mientras estabas en coma?"

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